御朱印は御朱印帳にいただくのが一般的です。

御朱印帳にはいくつかの種類がありますが、中でも広く使われているのは蛇腹折り(折り本式)の御朱印帳でしょう。
ほかにも和綴じや紐綴じ式、バインダー式といった御朱印帳もあり、これらは特定の霊場専用のものに多く見られるようです。

蛇腹折りの御朱印帳でよく話題になるのが両面を使用して良いかというものですが、いくつかの神社やお寺で質問したところ、使用して良いというお答えをいただきました。
ただし、両面、あるいは片面だけを使用しなければならないという決まりはありません。
反対側(裏側)に墨がにじむこともあるといった理由などから片面しか使用しないという方もいますので、ご自分で納得できる使い方をされれば良いと思います。

それから、御朱印帳はインターネット通販で購入できます。
例えば楽天市場の御朱印帳専門店HollyHockでは豊富なデザインの御朱印帳を取り扱っており、人気があります。

実店舗では、神具や仏具、書道用品を販売しているお店で取り扱われていることがあります。

また、オススメしたいのが神社仏閣オリジナルの御朱印帳です。
歴史的建造物、国宝や重要文化財にされている襖や屏風などの絵画、神仏の像といったものを表紙にした様々なデザインの御朱印帳がありますので、気に入ったものに出会えたら購入しましょう。
良い記念になりますし、御朱印収集の旅の楽しみも増えると思いますよ。

余談ですが、四国霊場八十八ヶ所や西国三十三所観音霊場のような札所を巡礼する霊場では、御朱印帳以外に納経軸や笈摺(おいずる)に御朱印をいただくことができますので、ご参考までに。

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